Sejak angin reformasi dihembuskan di Indonesia, suhu politik di Timor Timur mulai memanas. Hal ini disebabkan gerakan antiintegrasi dan prokemerdekaan yang selama orde gres berhasil dibungkam, maka semenjak adanya reformasi mereka ikut mencicipi adanya kebebasan.
angin kebebasan mereka manfaatkan sebaik-baiknya dengan turun ke jalan menuntut diadakannya referendum dan kemerdekaan Timor Timur. Perjuangan mereka itu didukung oleh tokoh antiintegrasi yang ada di luar negeri menyerupai Ramos Horta dan tokoh Fretelin Xanana Gusmao.
Tindakan mereka ini cukup merepotkan dan menyulitkan posisi Indonesia di luar negeri. Oleh lantaran itu, pemerintahan Presiden B.J Habibie dan segenap kabinet reformasi setuju memperlihatkan alternatif bagi masyarakat Timor Timur untuk menentukan dua alternatif. Apalagi sesudah perang hambar berakhir, negara Barat yang semula membiarkan Indonesia memasukkan Timor Timur ke wilayah RI, mulai ribut dan mempermasalahkan Timor Timur.
Sejalan dengan perkembangan situasi di Indonesia sendiri serta tekanan-tekanan yang semakin gencar dari pihak asing, pemerintahan B.J Habibie risikonya mengeluarkan 2 pilihan bagi masyarakat Timor Timur, yakni sebagai berikut.
a. Lepas dari Indonesia
b. Pemberian status etonomi yang diperluas/otonomi khusus
Untuk menindaklanjuti opsi tersebut, pemerintah mengadakan negosiasi segitiga (triparti) yakni antara RI, Portugal, dan PBB di New York, Amerika Serikat pada tanggal 5 Mei 1999 yang berhail disepakati untuk melaksanakan jajak pendapat mengenai status Timor Timur atau United Nation Mission in East Timor (UNAMET). Jajak pendapat ini dilakanakan tanggal 30 Agustus 1999 yang diikuti oleh 451.792 orang pemilih penduduk orisinil Timor Timur baik yang di wilayah Indoneia maupun di luar negeri.
Tanggal 4 eptember 1999 hasil jajak pendapat diumumkan PBB di New York dan Dili dengan hasil 78% pro kemerdekaan atau menolak otonomi khusus yang ditawarkan.
Masalah-masalah yang Timbul Pasca-Jajak Pendapat
- Timbul perang saudara
- Pengungsian besar-besaran warga Timor-Timur
- Terjadinya pelanggaran HAM
- Masuknya INTERVET (International Force for East Timor) pimpinan Autralia, tugasnya membuat keamanan dan keteraturan di Timor Timur
- Dicabutnya TAP No. VI/MPR/1998 wacana integrai Timor Timur
- Timbulnya pendapat pro dan kontra di dalam negeri soal Timor Timur yang lepas dari RI
- Nasib warga pendatang di Timor Timur semakin tidak menentu